Đinh Bộ Lĩnh sau khi lên ngôi, lấy hiệu là Đại Thắng Minh Hoàng đế. Lúc bấy giờ, đất nước mới có nền quân chủ riêng nên phép nước chưa thịnh, khắp nơi lòng người chưa phục. Vì vậy, Đinh Tiên Hoàng buộc lòng phải tập trung vào công việc triều chính mà giao lại toàn bộ Đinh Tiên Phái cho đại đệ tử của mình là Đinh Phúc.

Năm Thái Bình thứ hai mươi tức năm 979, Đinh Tiên Hoàng cùng con trai là Đinh Liễn bị sát hại. Một viên quan là Đỗ Thích bị nghi là kẻ đã giết hai người. Sau đó, hắn nhanh chóng bị Đinh Quốc công Nguyễn Bặc giết chết. Thế nhưng, theo Đinh Phúc và một số quan đại thần khác, Đỗ Thích không thể là kẻ giết vua. Giả thiết được đặt ra rất nhiều, và vụ việc này sớm trở thành một “nghi án” không thể giải đáp.

Các đại thần thân cận của Đinh Tiên Hoàng là Đinh Điền, Nguyễn Bặc, Trịnh Tú, Lưu Cơ đã đổ dồn mọi nghi ngờ về phía Điện tiền đô chỉ huy sứ Lê Hoàn. Họ nổi dậy chống lại nhưng bị Lê Hoàn nhanh chóng đánh dẹp, cả bốn người đều bị giết.

Nhân lúc Đại Cồ Việt đang rối loạn, vua Tống viết thư sang đe dọa triều Đinh phải quy phục đầu hàng. Trước tình hình đó, thái hậu Dương Vân Nga cùng tướng Phạm Cự Lạng và các triều thần tôn Lê Hoàn lên làm vua. Lê Hoàn lên ngôi, lấy tôn hiệu là Minh Càn Ứng Vận Thần Vũ Thăng Bình Chí Nhân Quảng Hiếu Hoàng đế, niên hiệu là Thiên Phúc, phong Phạm Cự Lạng làm đại tướng quân, sẵn sàng chống lại quân xâm lược.

Đinh Phúc trong lòng vốn đã nghi ngờ Lê Hoàn nhưng thấy mình thế yếu, một Đinh Tiên Phái không thể chống lại cả một đội quân triều đình, hơn nữa lại e sợ quân Tống nhân dịp Đại Cồ Việt loạn lạc sang xâm lược, nên không dám nổi lên, chỉ biết khóc thương trong lòng.

Lê Đại Hành sau đó chỉ huy quân đội đã đánh thắng quân Tống, lấy được lòng dân, lòng quân và cả các đại thần, nên sau đó không còn ai có ý định làm phản nữa. Lê Đại Hành lại cử người thương lượng với Đinh Phúc, nói rằng chỉ cần Đinh Tiên Phái hết lòng phục vụ nhà Lê, thì từ nay về sau, Đinh Tiên Phái vẫn sẽ mãi là môn phái hùng mạnh nhất Đại Cồ Việt. Không nỡ để giáo phái mà sư phụ đã mất bao mồ hôi công sức để lập nên bị tan thành mây khói, Đinh Phúc đành chôn sâu mối thù vào trong lòng, chấp nhận hợp tác với triều đình. Và từ đó, giữa Đinh Tiên Phái và nhà Lê luôn có mối quan hệ tốt với nhau.

Lại nói, dưới thời của Đinh Phúc làm chưởng môn, Đinh Tiên Phái hùng mạnh và phát triển hơn bao giờ hết. Mặc dù không có nhiều đồ đệ, nhưng những đệ tử của ông đều là những cao thủ kiệt xuất, nổi bật nhất là Đinh Tiên Lục Hiệp: Đinh Thanh Lân, Bạch Văn Sinh, Mộc Kiếm Thanh, Lý Văn Lâm, Lưu Càn và Hồ Ngọc Phiến. Mặc dù trong lục hiệp Bạch Văn Sinh là người nổi bật hơn cả và khiến ông hài lòng nhất, nhưng trước khi chết, ông lại truyền lại chức Chưởng môn cho con trai của mình là Đinh Thanh Lân, phong năm người còn lại là Ngũ Đại Hộ Pháp. Điều này khiến cho những người khác – trừ Lý Văn Lâm và Hồ Ngọc Phiến – không hai lòng, bởi ai cũng biết, Bạch Văn Sinh mới là người xứng đáng hơn.

Đinh Tiên Phái dưới thời của Đinh Thanh Lân không còn bá đạo như xưa, nhưng vẫn là môn phái hùng mạnh nhất Đại Cồ Việt. Cả võ lâm tương rằng ngôi vị “đệ nhất giáo phái” của Đinh Tiên Phái sẽ vững chắc như dãy Hoàng Liên Sơn, muôn đời sững sững.

Nhưng trời không chiều lòng người, năm Cảnh Trị thứ hai tức năm 1009, hoàng đế Lê Long Đĩnh đột ngột băng hà, Điện tiền chỉ huy sứ Lý Công Uẩn được quan Chi nội cùng quốc sư Lý Vạn Hạnh hợp sức đưa lên ngai vàng. Thời thế thay đổi, trật tự của giang hồ cũng bị đảo lộn theo, bang hội giáo phái nổi lên như nấm sau mưa rào khiến địa vị bá chủ của Đinh Tiên Phái bị lung lay nghiêm trọng...